El Museo de la Guerra de Castas comparte la historia de 400 años de Resistencia maya contra los ataques extranjeros a su cultura, terrenos y creencias. La Guerra de Castas (1847-1901) fue la más larga y exitosa en una serie de rebeliones mayas contra los sistemas de opresión económica, política y social impuestos por los españoles y perpetuados después de la independencia mexicana en 1821.

La Guerra estalló cuando los oficiales del gobierno descubrieron que los mayas en la región que hoy es el estado de Quintana Roo estaban  preparándose para  una nueva rebelión. La ejecución de un líder indígena en Julio de 1847 prendió fuego a un  conflicto que abarcó el resto del siglo mientras que los mayas luchaban para establecer y mantener su autonomía. En 1850, la aparición de una “cruz parlante” no lejos de Tihosuco dio ímpetu nuevo a la lucha.

El movimiento terminó en 1901; los episodios de violencia y represalia disminuyeron en la década de los 30’s. Por lo tanto este espíritu de independencia queda hoy al corazón de la identidad maya en los ranchos y pueblos de Quintana Roo. Los edificios de la época de la Guerra de Castas sobreviven en toda la región y son  testigos de este  conflicto  bélico, entre ellos este museo y la Iglesia del Niño Dios parcialmente destruida, que se encuentran en la plaza de esta localidad.